公开资料显示，王亚军出生于1969年12月，安徽人，外交学院毕业，在外事系统工作多年。
1999年起，王亚军派驻欧盟，到2004年期间，他先后担任过中国驻比利时大使馆、驻欧盟使团一等秘书，驻法国斯特拉斯堡总领事馆副总领事等。
2004年9月，王亚军回国出任外交部经济外交与合作办公室主任，2005年6月起，任外交部政策研究司参赞、副司长等职。
2007年，王亚军曾出版《东方红西方蓝：一位外交官的欧洲亲历》一书。该书以他的亲身经历为根据，观察分析了欧洲社会发展情况。内容简介称，这本文集是“他用一个年轻外交官和青年工作者的眼光观察、记叙和思考欧洲社会的一点收获”。
2008年3月，王亚军任驻欧盟使团公使衔参赞，2010年4月任驻欧盟使团公使（正局级）。
2010年11月，王亚军从欧盟使团公使离任回国，在招待会上，他回忆了自己在布鲁塞尔近三年的时光，认为在离任之际最感欣慰的是，中欧关系在经历了2008年的短暂波折后重回稳定发展轨道，取得长足发展，并面临重大的历史发展机遇。
2011年3月，王亚军进入中央外办工作，担任中央外办政策研究局局长，直至2015年6月出任外交部政策规划司司长。
2016年6月，王亚军从外交部调任中联部，担任部长助理。
2018年1月，王亚军升任中联部副部长。公开报道显示，他是当时外事系统中最年轻的副部级官员。
2021年2月，中联部官网显示，王亚军已不再担任副部长一职。
两年多之后再次于公开媒体露面，王亚军已作为大使抵朝履新。
此前担任中国驻朝鲜大使的是李进军。他于2015年2月履任，2021年底离任回国，是历任驻朝鲜大使中任期最长的。
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